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烟草差减cDNA文库构建及烟碱相关EST序列分析

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烟草差减cDNA文库构建及烟碱相关EST序列分析
论文目录
 
摘要第1-6页
Summary第6-9页
1 前言第9-25页
  · 烟碱是烟叶生产的主要目的物第9-15页
    · 烟碱的性质及用途第9-10页
    · 烟碱的合成第10-11页
    · 调控烟碱合成的方法和技术第11-15页
      · 遗传调控第11-13页
      · 环境影响第13页
      · 栽培技术第13-14页
      · 生理活性物质第14-15页
  · 植物基因表达与杂种优势的形成第15-18页
    · 植物基因表达调控概述第15-16页
    · 杂种优势形成的机理第16-17页
    · 基因表达调控与杂种优势关系第17-18页
  · 基因差异表达的研究方法和技术第18-21页
    · 实时荧光定量PCR技术第19页
    · 抑制性消减杂交法(SSH)第19-20页
    · 转录组测序技术第20-21页
  · 生物信息学分析方法和技术第21-24页
    · cDNA文库构建第22页
    · 表达序列标签(EST)第22-23页
    · 生物分子数据库第23-24页
  · 研究目的和意义第24-25页
2 材料和方法第25-36页
  · 材料来源第25-26页
  · 技术路线第26-28页
  · 试验方法与技术第28-36页
    · 不同优势杂交组合筛选第28-29页
      · 田间试验方法第28页
      · 样品制备第28页
      · 烟叶烟碱含量的测定第28-29页
    · 总RNA提取第29-31页
      · 总RNA提取前准备第29页
      · 总RNA提取方法第29-30页
      · 总RNA的纯度和完整性检测第30-31页
    · 文库构建及测序第31页
      · cDNA文库构建第31页
    · EST序列生物信息学分析第31-36页
      · 原始数据过滤第32页
      · 参考序列比对分析第32-33页
      · 基因表达水平分析第33-34页
      · 差异表达分析第34页
      · 差异基因GO功能分类第34-35页
      · 差异基因KEGG分析第35-36页
3 结果与分析第36-56页
  · 不同优势杂交组合的筛选第36-39页
    · 2014年各杂交组合烟碱含量杂种优势表现分析第36-38页
    · 2015年各杂交组合杂种优势表现第38-39页
  · RNA提取第39-40页
  · EST序列生物信息学分析第40-56页
    · 测序产量统计第40-41页
    · 参考序列比对结果第41-45页
      · 干净序列与参考基因组比对情况统计第41-43页
      · 序列在参考基因组不同区域的分布情况第43-45页
    · 基因表达水平分析第45页
    · 差异表达基因分析第45-47页
    · 差异基因GO富集分类第47-51页
    · 差异基因KEGG分析第51-56页
4 小结与讨论第56-65页
  · 不同优势材料的筛选第57-58页
  · cDNA文库的质量控制第58-59页
  · 测序数据处理与质量控制第59-60页
  · 基因表达计算结果分析第60页
  · 差异表达基因的筛选第60-61页
  · 与烟碱合成相关的差异表达基因分析第61-65页
致谢第65-66页
参考文献第66-78页
附录第78-79页
附件一 Va116×巴斯玛VS Va116吡啶生物碱合成代谢途径的通路图第79-80页
附件二 Va116×巴斯玛VS Va116烟酸和烟酰胺代谢通路第80-81页
附件三 Va116×巴斯玛VS巴斯玛吡啶生物碱合成代谢途径的通路图第81-82页
附件四 Va116×巴斯玛VS巴斯玛烟酸和烟酰胺代谢通路第82-83页
附件五 Va116×巴斯玛VS Va116×GDH88吡啶生物碱合成第83-84页
附件六 Va116×巴斯玛VS Va116×GDH88烟酸和烟酰胺代谢第84-85页

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