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基于转录组学探究猪基因表达特征及其调控网络

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基于转录组学探究猪基因表达特征及其调控网络
论文目录
 
摘要第1-6页
ABSTRACT第6-8页
缩略词表第8-11页
前言第11-12页
第一章 文献综述第12-28页
1 猪的基因组及转录组简介第12-16页
  1.1 猪的基因组组装及注释第12-13页
  1.2 猪的转录组测序第13-14页
  1.3 猪的基因组进化第14页
  1.4 猪基因组的重复元件第14-15页
  1.5 猪作为一种生物医学模型的相关研究简介第15-16页
2 基因表达的组织特异性第16-19页
  2.1 基因的分类第16-19页
  2.2 启动子及模体的调控模式第19页
3 序列模体的研究现状第19-25页
  3.1 序列模体第19-20页
  3.2 模体分析的方法和技术第20-24页
  3.3 启动子上的模体分布情况第24-25页
4 基因共表达网络第25-28页
  4.1 网络构建数据来源第25页
  4.2 基因表达相似性评估方法第25页
  4.3 网络构建阈值选取方法第25-26页
  4.4 基因共表达网络的拓扑分析方法第26页
  4.5 基因共表达网络的模块构建及分析第26-28页
第二章 猪的基因结构、进化和启动子分析第28-44页
1 材料与方法第28-30页
  1.1 数据来源第28页
  1.2 方法第28-30页
2 结果与分析第30-41页
  2.1 猪的基因表达谱第30-31页
  2.2 猪持家基因的定义第31页
  2.3 持家基因与组织特异性基因的表达水平第31页
  2.4 持家基因与组织特异性基因结构比较第31-32页
  2.5 持家基因与组织特异性基因功能分析第32-34页
  2.6 持家基因与组织特异性基因进化动力学分析第34-36页
  2.7 持家基因与组织特异性基因启动子区域保守性分析第36-40页
  2.8 持家基因与组织特异性基因启动子区域调控模体的检测第40-41页
3 讨论第41-44页
第三章 猪与人持家基因结构、功能的比较及进化分析第44-55页
1 材料与方法第44-45页
  1.1 试验材料第44页
  1.2 方法第44-45页
2 结果与分析第45-53页
  2.1 猪与人持家基因重叠性分析第45页
  2.2 猪与人持家基因的结构比较第45-46页
  2.3 猪与人持家基因的进化动力学第46-48页
  2.4 猪与人持家基因功能分析第48-50页
  2.5 物种间持家基因功能的协同性第50-51页
  2.6 活性中心的趋同性第51-52页
  2.7 锌指结构的趋同性第52-53页
3 讨论第53-55页
第四章 猪的泛组织基因共表达网络构建与特征分析第55-72页
1 材料和方法第55-56页
  1.1 试验材料第55页
  1.2 方法第55-56页
2 结果与分析第56-70页
  2.1 猪的基因表达变异度分析第56页
  2.2 样本和基因筛选第56-57页
  2.3 模块构建第57-60页
  2.4 模块功能的特异性第60-62页
  2.5 模块功能的协同性第62-65页
  2.6 模块的组织特异性第65-67页
  2.7 模块内基因启动子区域调控模体富集分析第67-70页
3 讨论第70-72页
第五章 猪肌肉组织基因共表达网络调控分析第72-84页
1 材料与方法第72页
  1.1 试验材料第72页
  1.2 方法第72页
2 结果与分析第72-82页
  2.1 猪的基因表达变异度分析第72-73页
  2.2 样本和基因筛选第73页
  2.3 模块构建第73-75页
  2.4 猪肌肉组织模块的功能富集分析第75-76页
  2.5 猪肌肉组织模块的组织定位第76-77页
  2.6 猪肌肉组织模块内基因启动子区域模体调控富集分析第77-79页
  2.7 模块特异的转录因子调控基因共表达分析第79-82页
3 讨论第82-84页
第六章 结论与展望第84-85页
参考文献第85-102页
附录第102-116页
1 附表第102-111页
2 附图第111-116页
致谢第116-117页
作者简介第117-118页
导师评阅表第118页

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